Stephan Beckenbauer hral od mladosti za Bayern, v ktorého farbách žiaril jeho slávny otec. Do hlavného tímu sa však nedostal a odišiel do konkurenčného klubu Mníchov 1860. Bundesligu si nakoniec zahral v 12 zápasoch za Saarbrücken.
Hráčsku kariéru musel Stephan Beckenbauer ukončiť už v 29 rokoch kvôli vážnemu zraneniu kolena. Od roku 1999 trénoval rôzne mládežnícke výbery Bayernu, jeho rukami prešli napríklad súčasní majstri sveta Bastian Schweinsteiger, Mats Hummels a Thomas Müller.