Účasť vo štvrťfinále si bez väčších problémov vybojovali hráči FC DAC 1904 Dunajská Streda, ktorí zvíťazili na trávniku MFK Spartak Medzev presvedčivo 5:1 a nedovolili vedúcemu tímu IV. ligy skupina Juh v rámci Východoslovenského futbalového zväzu postarať sa o ďalšie prekvapenie na úkor favorita.
Medzev predtým vyradil dve mužstvá najvyššej súťaže – v 3. kole si poradil s FK Senica a v 4. kole aj s AS Trenčín. Istým štvrťfinalistom Slovnaft Cupu je aj MFK Tatran Liptovský Mikuláš, ktorého hráči si v súboji dvoch druholigistov poradili doma s MFK Lokomotíva Zvolen 2:0.
V podvečerných dueloch sa zhodne 3:0 pred vlastnými fanúšikmi presadili dvaja favorizovaní fortunaligisti: Žilina vyradila ďalší tím z najvyššej domácej dlhodobej súťaže Podbrezovú a Trnava si poradila so Spišskou Novou Vsou.
Neskôr Slovan Bratislava v prestížnom dueli dvoch účastníkov FL triumfoval doma nad Nitrou 3:1 aj zásluhou dvoch gólov Róberta Vitteka. V záverečnom zápase stredajšieho programu osemfinále zvíťazil Ružomberok na pôde Skalice, teda obhajcu finálovej účasti, tesne 1:0.
Prvým štvrťfinalistom sa stal už v utorok FK Poprad, ktorý v stretnutí dvoch aktérov II. ligy zdolal doma FK Inter Bratislava tesne 1:0.
Osemfinále sa hrá na jeden zápas, v prípade nerozhodného výsledku v riadnom hracom čase (po 90 minútach) sa duel nepredlžuje, o postupujúcom rozhodne rozstrel z 11 m. Celkové prvenstvo v Slovnaft Cupe obhajuje ŠK Slovan Bratislava: „belasí“ si 1. mája 2017 poradili vo finálovom dueli v NTC Poprad s druholigovým MFK Skalica presvedčivo 3:0 a získali trofej.
Výsledky osemfinálového 5. kola Slovnaft Cupu:
TJ Iskra Borčice – MFK Zemplín Michalovce 2:0 (0:0) – do štvrťfinále postúpili Borčice
MFK Tatran Liptovský Mikuláš – MFK Lokomotíva Zvolen 2:0 (0:0) – do štvrťfinále postúpil Liptovský Mikuláš
MFK Spartak Medzev – FC DAC 1904 Dunajská Streda 1:5 (0:2) – do štvrťfinále postúpila Dunajská Streda
MŠK Žilina – FK Železiarne Podbrezová 3:0 (2:0) – do štvrťfinále postúpila Žilina
FC Spartak Trnava – FK Noves Spišská Nová Ves 3:0 (2:0) – do štvrťfinále postúpila Trnava
ŠK Slovan Bratislava – FC Nitra 3:1 (1:0) – do štvrťfinále postúpil Slovan
MFK Skalica – MFK Ružomberok 0:1 (0:1) – do štvrťfinále postúpil Ružomberok