Beenhakker bol jeden z mála trénerov, ktorým sa podarilo dosiahnuť úspech na lavičke Ajaxu Amsterdam i Feyenoordu Rotterdam. S prvým menovaným získal dva majstrovské tituly, s Rotterdamom sa mu to podarilo v roku 1999.
Pozoruhodné boli aj tri tituly majstra La Ligy s Realom Madrid, ktoré získal v rokoch 1987 až 1989. Beenhakker viedol Real v rokoch 1986 až 1989 a neskôr v roku 1992. S „bielym baletom“ vybojoval celkovo šesť trofejí.
„Real Madrid by rád vyjadril sústrasť jeho rodine, bývalým klubom a blízkym,“ citovala z vyhlásenia klubu agentúra AFP.
Okrem Realu viedol Holanďan aj Ajax Amsterdam a Feyenoord Rotterdam i reprezentácie Holandska, Saudskej Arábie, Trinidadu a Tobaga či Poľska.