Za „šošonov“ odohral celkovo 114 zápasov a v sezóne 2006/2007 s nimi získal majstrovský titul. V januári 2009 prestúpil do nemeckého Wolfsburgu a v tom istom ročníku sa tešil z bundesligového triumfu.
Sezónu 2011/2012 odohral na hosťovaní v tureckom Kayserispore a od roku 2012 do tohto leta pôsobil v Herthe Berlín, s ktorou hral striedavo v Bundeslige i v druhej najvyššej nemeckej súťaži. V uplynulom ročníku za ňu odohral len šesť zápasov vo všetkých súťažiach a v lete sa stal voľným hráčom.
"Rozhodujúci faktor pre mňa bola srdečnosť všetkých zainteresovaných strán. Chcem hrávať pravidelne a pomôcť reprezentácii. Mám výborné pocity, vraciam sa sem veľmi rád a teším sa na súboje na domácom štadióne, pretože si pamätám, že tu vždy vládla výborná atmosféra.
Robil som všetko, čo bolo v mojich silách, aby som bol stopercentne pripravený a mám za sebou jednu z najťažších príprav v posledných rokoch," uviedol Pekarík pre klubový web Žiliny. Štartovať by mohol už v nedeľnom domácom ligovom dueli proti nováčikovi z Komárna.
Spokojnosť ohľadom hráčovho návratu neskrýval ani športový manažér MŠK Karol Belaník:
Čítajte viac Prestupová bomba na úvod jesene. Nestarnúci Pekarík si našiel nový klub, vracia sa na domáce trávniky"Vracia sa úžasná hráčska osobnosť s množstvom skúseností, ktorá má na medzinárodnej úrovni viac ako 100 štartov. Málokedy sa stretne taký futbalista s takým profesionálnym prístupom, ako má Peter. Je to obrovský impulz pre kabínu i fanúšikov.
Veľmi sa tešíme na jeho príchod a veríme, že prínos, ktorý od toho očakávame, sa naplní. Svojím profesionalizmom a pracovitosťou určite dokáže ovplyvňovať všetkých ľudí v klube a strhne so sebou aj okolie. Dúfame v prospešnú misiu pre obe strany a želáme mu veľa zdravia i športových úspechov."
Obe strany sa dohodli na polročnom kontrakte. „Zatiaľ je to zmluva do konca tohto kalendárneho roka, ako si želal ‚Peky‘. Potrebuje sa zorientovať, zistiť, ako to funguje v tíme, aké sú ambície a aká bude aj jeho pozícia. V zime sa uvidí, čo ďalej,“ konštatoval Belaník.
Pekarík má za sebou aj 132 štartov v drese národného tímu. Debutoval zaň v roku 2006 a bol súčasťou mužstva, ktoré sa prebojovalo do osemfinále MS 2010 v Juhoafrickej republike.
Na šampionáte odohral tri zápasy vrátane pamätného víťazstva nad vtedajšími obhajcami titulu Talianmi 3:2. Bol tiež jedným z kľúčových hráčov na uplynulých ME v Nemecku.
Čítajte viac Predať mladíkov, neprivádzať veteránov. Vo vedení Žiliny sa čosi zlomilo, domov sa vracia profesor Pekarík